经过一番梦幻般的磨难，秦基伟虽然官复原职，但有很多问题还是纠缠于脑际，说不清，理还乱。他尤其是关注他的战友和部下们，打听了解他们的状况，只要有可能，就帮助他们解决问题。
一九九六年十一月四日，原十五军七十四团政治委员，后任云南省文化厅长的张振军和他的夫人，原十五军机关干部唐惠先在住所接待了某出版社编辑。提起秦基伟，两位老人的目光中充满了感激之情。张振军说——
我们从报上看见秦司令员出来工作的消息，心里就想，我们的事也快有眉目了。说真的，那时候他们高级首长下马，我们这些人也受难。云南才解放，就叫我们到临沧地委工作，我当地委第一书记，她（指唐惠先）当第二书记，除了我们两个人，只有几个兵，完全是白手打天下。我们的一切都是按上级指示做的，可是“文化大革命”一来，我们就惨了。说我们在边疆搞资本主义复辟。搞了一顶“夫妻党”的帽子。天哪，夫妻两个就是一个党，那还得了。又是批斗，又是下放，弄得鸡飞狗跳。秦司令员一出山，就派夫人唐贤美和他的秘书来看我们。我们那时候处境多难啊，简直就是敌我矛盾。别说人，连鬼都不愿靠近。这时候秦司令员敢派人来，说明他相信他的部属没问题，说明他把他的下级始终装在心里。我们后来写了一个申诉，请秦司令员转交邓小平同志，秦司令员二话没说就转交了。邓小平同志批了字，中央组织来调查，没过多久我们的问题就解决了。
说起秦基伟爱护干部，十五军昆明军区不少老同志都有一个共同的体会，就是秦基伟特别重感情，对部属既严又爱。司令员的心肠永远是热的，爱护自己的干部如同爱护自己的手足。
张振军说，他一生中，秦司令员三次救了他。一次是一九四七年过黄河时，他负了伤。当时，按一般处置方法就要送回黄河以北，但这件事被秦基伟知道了。秦基伟说：“特殊情况要特殊处理。张振军伤得重，位置也不好，送过河恐怕要送命。留下来跟纵队部走。”
就这一句话，救了张振军一命。此后他跟着纵队部，秦基伟交代纵队医务主任张其榜和两名医生精心照顾，终于度过了危险期。
秦基伟还有一次搭救张振军，也可以说是政治上的援助。那还是在抗日战争时期，延安整风，各部队也整风。地方部队分成几摊子，张振军参加太行区第一行署整风。地方的同志对他不太了解，只知道他是上过大学的知识分子，家庭出身不好，又是“特嫌”，又是“投机”地乱扣帽子，逼得差点“自杀”。秦基伟明知张振军冤枉，但也不好“干涉运动大方向”，最后想了一招，借“黑水河战斗”之机，将张振军等一批正在挨整的干部“借”回到部队。一回到部队，回到战斗中去，这些人就如鱼得水了。
得到秦基伟帮助的，远不止十个八个。
一九四七年部队在鸣皋整风，号召大家开展自我批评。作战处长崔星一时想不出该给自己安个什么帽子，觉得自己有些工作没做好，就说自己有资产阶级思想。
在司令部参加整风的秦基伟当时就瞪了眼，说：“用词不当，你知道什么叫资产阶级思想吗？好吃懒做，贪图安逸，剥削人民，那才叫资产阶级思想。你就是把个指北针丢了，就是资产阶级思想吗？那是工作疏漏，不要给自己乱戴帽子。”
建国后曾任某高级学校校长的崔星以后曾经说过：“有时想想都后怕，那时头脑真简单，资产阶级思想那帽子是随便扣的吗？要不是司令员大包大揽，如果真有人揪住我要我交代资产阶级行为，那可就是黄泥巴掉裤裆——不是屎也是屎了。”
曾在秦基伟手下任过作战参谋的桑传宝还向采访者介绍了这样一件事——
原昆明军区副参谋长某某某因在生活作风方面出了点问题，被处以留党查看两年的处分。秦司令员考虑到这位同志在战争年代对人民立过功劳，工作能力也很强，千方百计给他创造机会让他将功补过。粉碎“四人帮”后，这位前副参谋长被任命为云南省军区副司令员，以后又当干校顾问，休息时享受副军待遇。这位同志认为自己五六十年代就是正军职了，现在休息了，反而才是个副军待遇，心里有点不平衡，便请他的老下级、昆明军区作战部副部长桑传宝写了个申诉。但不久申诉便被军区驳了回来。理由是他当年当副参谋长，那时候并没有明确是正军还是副军。
这位同志无奈，只好向秦基伟求援，要上北京找秦基伟。秦基伟的秘书很快就给这位同志打电话：首长说了，如果是为别的事，来北京可以。如果是因为这件事来京，大可不必。首长表示可以办。
秦基伟之所以表这个态，是因为他把情况都了解清楚了，认为无论是资历还是贡献还是级别对照，这位前副参谋长享受正军待遇都是当之无愧的，他也因此而积极向军委和总部反映。
时隔不久，这位前副参谋长便接到了调整正军待遇的命令。
一九九三年，离休后定居在石家庄的老部属武尚志给秦基伟打来电话说，他被石家庄和平医院诊断为患肺癌，到北京军区检查也是同样结果。电话讲了这些就断了，也没有讲清他现在住在什么地方。秦基伟听了十分不放心。武尚志不仅是个英雄，也是个好汉，战争年代抡大刀耍驳壳枪，枪林弹雨闯火海杀血路那是眼也不眨的，打断骨头穿破皮轻伤重伤负了一身，没听他哼过。虽然秦基伟当军长的时候他才是个营级干部，但秦基伟非常了解他。如今这条好汉患了绝症，向他报告了却没留下联系方法，那是不愿给老首长添麻烦。秦基伟让秘书千方百计找到了他，又让秘书把他的肺部X光片送到解放军总医院请专家会诊。会诊结果同样是肺癌。总医院同意接受病人住院治疗，但武尚志同志拒绝在京住院。这以后，秦基伟曾亲笔写信派秘书带上去石家庄看望他。一九九四年十月，秦基伟得知武尚志同志病情恶化，又亲自前去探望。殷殷真情，让众袍泽观之涕零。
事实表明，秦基伟的火热心肠，也不仅仅只是关照自己的部属，对其他同志，甚至是对曾经同自己闹过别扭的同志，也能以诚相待，需要他帮助的时候，他都会伸出无私的帮助的双手。
秦基伟在昆明军区任司令员期间，一位副司令员因工作问题同他闹了点意见。大会上吵，小会上闹。为了使秦基伟顺利工作，上级打算把这位副司令员调离昆明军区。征求秦基伟意见时，秦基伟说：“这个同志管军事抓训练，能力是有的，把他调出昆明，能够重用，我举双手同意。但如果仅仅是为了调整我们的关系，把他平调出去，甚至影响对他的使用，我个人是不赞成的。”
这位副司令员也是戎马一生赫赫战将，与秦基伟在工作中虽然时有分歧，但能及时勾通。此后不久，在“文革”中，秦基伟挨整，这位副司令员受到别人影响，也说了一些不够实事求是的话，并且在工作中受到一些挫折，离开了领导岗位。以后秦基伟调到北京担任要职，还携夫人前去看望这位闲居在家的老同志，并设家宴宴请他们夫妇。老战友水酒一杯话春秋，缅怀战争岁月里的真情厚谊，恩恩怨怨随着横溢老泪化为乌有。
对身边的工作人员，秦基伟也一贯给予关怀和体谅。把他们视为家人，经常同他们谈心，交换对世界大事、国家大事的看法，就某一问题听取他们的意见，在一起娱乐谈心。每年三八妇女节，秦基伟都要安排节目或者亲自下厨露两手，招待家里包括保姆在内的所有的女性，他把这件事戏称为他的三八招待会。他的亲切、和蔼、热情、真诚，像磁石一样把大家紧紧团结在一起。 秦基伟上将