一九六六年，中国大地席卷了一场风暴，这就是史无前例的“文化大革命”。
昆明虽然地处边陲，却也不是世外桃源，并且成为全国乱的最早、乱的最凶的几个城市之一。
起初，军区还算稳定，虽然山雨欲来，但秦基伟仍坦然坐镇，在省委受到严重冲击下，安排部队保护云南省委第一书记、昆明军区第一政委阎红彦。但不久，他就被打成“贺龙的黑干将”，又被冠以“保皇派”、“走资派”等罪名，遭到残酷的批斗。最后不得不离开军区，躲到干海子炮四师幼儿园。直到一九六七年二月十二日，周恩来总理派来一架飞机，才把他接到北京，从此不明不白地靠了边。
到北京后，秦基伟被安排在京西宾馆，没有职务，也没有任务。但他心里仍然充满了感激。就这么个条件，还是周恩来总理千方百计才争取来的。
在军区一级，秦基伟是最早下台的人之一，也是最早得到周恩来保护的人之一。
在北京当了一段时间寓公，高干层里就传出来一些风言风语，说贺龙的问题闹大了，毛泽东主席原来说要保贺龙，由于军队内部一些人“反戈一击”，毛泽东又说，贺龙看来是保不住了。
贺龙一被打倒，就要收拾贺龙的“黑干将”。
以后，秦基伟回忆这段经历，诙谐地说过：“因为贺龙原是西南军区司令员，我在他手下工作过，这算不算是‘黑干将’呢？只有天知道，除了老天爷，就只有云南造反派知道了。一九六六年底他们就在昆明的大街小巷张贴标语，说我是贺龙的‘黑干将’。”
这段时间，真是度日如年。
军委召开扩大会议，大军区首长都来了，有些人原来很熟，战争年代还互相配合过。可现在见面，那份热情就不见了。好一点的点个头打个招呼，有些人连招呼也不打，走到迎面，没见着似的，把头一扭就过去了，像躲瘟疫。
秦基伟心里难受，脸上却绝不流露，依然昂首挺胸。心里暗骂：怎么啦？老子就成了反革命？毛主席没给我下结论嘛！你不理我，我还不理你呢！
一场“文化大革命”，使多少人迷了方向，又使多少人变了模样啊!
当然，也有不看势头不“嫌贫爱富”的。一次，秦基伟去看望杨得志，杨得志在秦基伟的耳边说了一句悄悄话：“老秦，不要紧，主席说了，秦基伟还要保。”
秦基伟心里顿时一热，没有说话，用手攥住杨得志的手，表达了自己的感激之情。
住在京西宾馆，不工作了，也省了许多麻烦，既然人已离开军区，当然也就不谋其政。生活也较安逸，过着闲居的“寓公”生活。政坛沉浮，实在耐人寻味，那些仍活跃于政治舞台的人，见了秦基伟之类“靠边”的人，大都急匆匆目不斜视，以免自家惹上干系。
对此，秦基伟表示理解，而且乐观不改。“没有事做，也没人聊天，但我不会闷闷不乐，自己跟自己过不去。闲来无事，老子逛大街去。无官一身轻，我是自由的。不用派车，也不要随行人员，步行到军事博物馆，坐公共汽车，想去哪里就去哪里。”
客观地说，这一段时间的确是一段清闲的日子，不仅离开了战争，也离开了工作，离开了文件堆，离开了永远繁忙的办公室，离开没完没了的请示汇报。而终于走进市民当中，走进了生活，走进了北京的大街小巷，像普通老百姓一样逛商店挤大车，蹲在马路边看人下象棋，并且做不到“看棋不语真君子”而因助战同人争得面红耳赤……
以后再回忆起这段“寓公”生活，秦基伟甚至还很侥幸，有一种因祸得福的庆幸感。“文化大革命”的第一个浪头就把他掀翻了，首先成了没有还手之力的“死老虎”，后来的“残酷斗争，无情打击”也因而就躲掉了不少，没有挨打，也没有受到人身侮辱。
同样因为最早地离开了领导岗位，也就最早地解脱了巨大的惶惑和来自责任方面的压力。而恰好在这期间，全国的“文化大革命”已是“如火如荼”，进入一个狂潮阶段，出现更大规模的揪斗、打击、迫害党和国家各级领导干部、冲击党政领导机关，武斗事件不断升级，上海、南京、郑州、沈阳、重庆等地造反派不同派别之间打得不可开交，有的地方还动用了军队武器，武汉还发生了围困中央文革小组代表王力和数十万军民游行示威事件。局势的发展，已到了几乎失去控制的地步。不少老干部都受到了冲击、折磨，有的甚至被整死了。同他们相比，首先倒台的秦基伟自然算是”因祸得福”的了。
后来，由于女儿畹江的到来，这位“光杆司令”的精神生活又得到了改善。畹江在北京没有户口（那时实行供给制，只有户口，才配给粮食），一个人的粮票爷俩用自然不够。每天一大早，秦基伟洗漱完毕便出去跑步，回来时顺便在门外吃两碗馄饨，省下粮票。加上老同志们凑一点，畹江的口粮问题就解决了。
一九六八年，发生了“杨、余、傅”事件，杨成武、余立金、傅崇碧遭了殃，挂在京西宾馆的“老家伙”们也沾了光。这一年的“五·一”节，没有通知秦基伟上天安门。
在当时，重大节日上不上天安门，这不是个小事，往往是一种政治待遇的标志。上不了天安门，名字也就从报上抹掉了，说明问题又升级了。
果然，这期间京西宾馆不让住了，秦基伟和先后落难在此的宋任穷、陈再道、李志民、钟汉华等人又搬到了海运仓招待所。
这年秋天，发生了一件事。
昆明的造反派侦察得知秦基伟的住处，派了几个人到北京，一直找到海运仓，声称是调查昆明军区副司令员鲁瑞林的情况，逼秦基伟揭发。
秦基伟说：“我和鲁瑞林原来不是一个部队的。后来在昆明军区一块工作，配合得很好。不知道他有什么问题。”
造反派说：“你是司令，他是副司令，他的问题你能不知道？你不要庇护，要谈他的历史问题。”
秦基伟说：“他的历史有组织上考核，档案归干部部门管。我虽然是司令员，但也没有权力随便审查一个副司令员的历史，我怎么能知道他的历史呢？”
造反派此次行动，其实是醉翁之意不在酒，调查鲁瑞林是假，丑化秦基伟是真。他们早就蓄谋了一个圈套，见时机成熟，就装腔作势地问：“鲁瑞林的情况你真不知道？”
秦基伟老老实实地回答：“真不知道。”
造反派指着会议室中央的领袖像，说：“你敢不敢向毛主席他老人家鞠躬发誓？”
秦基伟不知是计，依然从容不迫，还开了一句玩笑：“给毛主席鞠躬我没意见。”
说完，当真站起来，走近了，朝毛主席像恭恭敬敬地鞠了一个躬。
岂料，这一躬鞠下去，还没等他站直腰，身后就有两个人窜上来，一人拧住一只胳膊，往后一别，再往上一拧，秦基伟的腰就不由自主地哈下了。
紧接着，几道眩目的光线迎面射过来，照像的快门接连响了几声。
直到这时候秦基伟才恍有所悟：娘的，中了造反派的计了，五十多岁的老汉让一群娃娃耍了，被造反派开了“喷气式”，还拍了照。
造反派把这些照片带到昆明，放大后大街小巷张贴，宣扬他们的战果，自我吹嘘“在北京斗了秦基伟”。
秦基伟对此事很恼火，义正严辞地给当时的总参谋长黄永胜写了一封信，请他查处。
此信发出，泥牛入海，杳无音讯。
住在海运仓后小楼（落难老干部戏称为“黑小楼”）的靠边干部有将近一个排，在大食堂就餐，开了三桌。一道屏风隔了两个天地，那边是在职的，这边是下马的。
吃饭时，还不时有人从屏风缝里往这边看，看走资派是什么样，“像他妈看猴似的”（秦基伟语）。
秦基伟自己也说不清楚，他是何时因为何事由谁结论为“走资派”的，稀里糊涂地就当上了。
每次饭前，都有一堂政治课。
招待所的服务员，也是红卫兵，扎着羊角辫的小姑娘，穿着军装，精神抖擞地念《毛主席语录》，不是《敦促杜聿明等投降书》，便是“只许老老实实，不许乱说乱动。”
起先大家不大习惯，出生入死的高级将领们被几个乳臭未干的黄毛丫头训来斥去，心里实在窝囊。
慢慢地也就习惯了。你训你的，我吃我的。吃了玩，玩了睡。每天早请示晚汇报，除此之外没别的事。正课时间要么打扑克，要么逛大街。
老家伙们是不甘寂寞的，自己侍候自己，把这种“罢官”的日子照样过得红红火火。尤其活跃的是陈再道，一有机会，就去买酒，然后到处发动，今天在你那个房间，明天在他那个房间，大家凑菜，轮流坐庄，自带筷子和酒杯，聚在一起喝酒。
这情景，颇有些“煮酒论英雄”的味道。 秦基伟上将