这股海盗在官军追剿之下，一路皆有伤亡。
至严州淳安县时，只剩下大约六十多人。因迫于追杀，乃昼赴夜行翻山越岭，进歙县杀奔江苏。
官府急调江苏兵扼守。在旌德，典史蔡尧率当地民兵千余迎敌，但海盗们再次突破封锁线，在南门外大肆劫掠之后扬长而去。随后在泾县，又击败率兵前来围剿的知县邱时庸。
七月十三日，这几十名海盗抵达南陵县城，守城军民望风而逃，海盗不费吹灰之力就攻占了县城，在城中再度烧杀劫掠，这时，建阳指挥廖印、当涂县丞郭耿郊、芜湖县丞陈一道、太平府知事郭章，分别领兵起来增援，与海盗们在县城东门外遭遇。
双方正面交战。廖印等拉弓射击，海盗们缺少箭矢，顺手接过官军箭矢反射，就这么区区几十个海盗，竟然杀的各路兵马溃败。陈一道带兵独进，奋力拼战而不克，终被杀死。
出南陵之后，海盗们又流窜于芜湖，但遭当地平民百姓抗击，只得后撤向东，转道太平府，杀入江宁镇。指挥朱襄率几百名勇士奉命守卫。海盗们趁其不备，忽施偷袭。
朱襄等人不知敌情，正在纵酒狂欢之际被劫营。朱襄奋力拼杀，身中数枪倒马而死，官兵死亡三百多人，全部被几十个海盗歼灭。
海盗们一路杀到了南京城下，耀武扬威地从安德门外经过，一时间城内人心惶惶，但竟无人敢出城迎击。
南京举城鼎沸，军民皆惊。而倭寇不过五十余人。而当时南京守城明军在册是十二万。留都兵部尚书张时彻、侍郎陈洙等闭门不敢出兵。反令市民自备粮械，登城守卫。
从南京城下示威而过的海盗，一路劫掠溧阳、宣兴，因听闻官兵在太湖出现，又跨过武进，越过无锡，一昼夜奔走了一百八十余里，到达济墅关。
这时，有一路围攻杭州的倭寇残部正据此不远，会师在即。
到这个时候，南京方面才作出了反应。南直巡抚曹邦辅亲自督促副使王崇古，集各部军队，扼守要路，四面围剿。俭事董邦政、把总娄宇率兵在陶宅镇终于捕捉到了敌踪。两军合剿，斩获敌首十九级。海盗们这时方才穷途末路，想逃向太湖时，被官兵一路拦截，在杨林桥被追上并全部歼灭。
就这样，这支历史上最神奇百人海盗队伍在横行干里，杀戮战伤官民四千人，官员阵亡一御史、一县丞、二指挥、二把总，经历了八十余日之后，终于结束了其传奇般的旅途。
丁云毅说到这问道：“陛下认为这股倭寇是倭人还是大明子民？”
“倭寇，自然是倭人了。”崇祯不解地道。
丁云毅一笑：“臣认为此不尽然。从转战历程看，其熟悉民情和地理，善于隐匿，能捕捉到官军的弱点和心理，长于灵活机动的游击战，当非语言不通，水土不服的外国人。而其他们皆是黄衣红盖，这也不是扶桑国人装束，故臣以为这股所谓‘倭寇’当为我大明子民。”
“什么？”这话听在崇祯、王承恩、吴直等人耳中大觉惊讶：“既然我大明子民，为何还要冒充倭寇？”
丁云毅一声叹息：“因为海禁让这些沿海百姓实在无法生存下去，他们不得不做起了海盗。而为了害怕连累到自己家人，他们又只能冒充起了倭寇那。”
崇祯的眉头紧紧锁了起来。
王承恩也在一边说道：“陛下，隆庆元年我大明在月港设海澄县。同年，福建巡抚都御史涂泽民议开禁例，准民间通海贸易，但拒绝与日本贸易，也终于得到批准。于是自此开始，海澄的月港都是唯一合法的出海通商进行海外贸易港口。而江南也一直是最富庶的地方，并且少有大规模的叛乱，市通则寇转为商，市禁则商转为寇......”
“市通则寇转为商，市禁则商转为寇。”崇祯喃喃的念着这两句话。
丁云毅趁热打铁：“倭寇之乱在戚继光、俞大酞等名将的围追堵截下，逐渐平息下来。与此同时，在一些官员的倡议下，我大明开始放宽海禁，这种明智的措施使长期军事行动难以压制的局面迅速稳定下来，这甚至使一些官员也感到吃惊，从而更明确地认识到‘市通则寇转化为商’的道理。海防力量的增强以及海禁的放宽，是从根本上解决倭患问题的两个必要条件，两者不应相互抵触，而是相辅相成的关系。我大明强大的海防力量是保证自身安全及发展对外贸易的保障，而畅通的对外贸易又会成为我大明经济发展的重要动力......”
说到这，丁云毅深吸了口气：“所以，海禁断不可行，只有开放海运，才能确保我大明海疆畅通无阻，使得百姓归心于朝廷，使得海盗灭绝。”
“好，说得好！”崇祯一下提高了声音：“丁云毅，说得好啊，只有开放海运，才能确保我大明海疆畅通无阻，使得百姓归心于朝廷，使得海盗灭绝。朕今天开心得很，朕今天听到了过去听不到的话。福建巡抚邹维琏原本上书，恢复海禁，朕也准了，现在看来，倒是朕没有经过仔细调查，贸然下了决定。”
王承恩和吴直大骇，陛下这可是在那承认自己的错误了。
崇祯却丝毫没有注意这些，终于放下了手里的茶碗：“看来要解决海患问题，一个‘禁’字是禁不住的，比如当年大禹治水，必须改‘禁’为‘疏’，这才能确保我大明之海防那！”
“陛下英明！”这次是丁云毅真心说出了“英明”这两个字来。
崇祯兴致颇高：“所以整天坐在宫里，看那些奏本丝毫用也没有。朕之前听唐定王说你如何如何出色，朕这心里还不太相信，这才动了想要见你一次的念头，朕这次见对了，见对了，你很有见识，很有见识那。”
丁云毅起身恭恭敬敬地道：“臣愧不敢当。”
“当得起，当得起，你当然当得起！”崇祯的声音一下变得热切起来。