感到时机逐渐成熟的周瑜，于靖康五年十一月下旨，改中央官制为“三省六部制”。

　　三省即中书省、门下省、尚书省。“中书取旨，门下封驳，尚书奉而行之”，是三省分工原则，从而彼此制约，以掌管国家大政。

　　中书省主要负责秉承皇帝旨意起草诏敕，起草之责主要由中书舍人负担。中书令为中书省的长官，副长官为中书侍郎。作为皇帝身边最为亲近之人，体察上意、善传旨意这些皆是重要的能力，周瑜自是要任用才德兼备之人，一番斟酌之后，周瑜任命孙权为中书令，刘巴为中书侍郎。

　　门下省的长官为侍中，副长官为门下侍郎，主要职官有给事郎。门下省主要负责纠核朝臣奏章，复审中书诏敕，如认为不当，司以封还和加以驳正，称“封驳”。驳正之权主要由给事中掌握。

　　按周瑜之旨意，门下省有谏诤之责，以匡正皇帝的过失，其长官须得刚正不阿，不畏权贵，周瑜看遍朝中百官，却寻不到历史上辅佐唐高宗的魏征这一类宁死也要谏诤的人才，故此周瑜只得以才能、资历等来衡量选人，最后任命鲁肃为门下省侍中，虞翻为门下侍郎，以青年才俊司马懿、陆逊、赵咨等人为给事郎。

　　尚书省统管六部，其长官尚书令权责极大，为示恩宠，周瑜特将此职位封给了一直为其出谋划策立下大功的贾诩，尚书令的副手是左右仆射，分别由陈宫和诸葛瑾担任。

　　仆射之下有左右丞、左右司郎中、员外郎、负责都省职事，这些重要的职位周瑜都一一亲自选定人员，以老带新，充分考虑了人员的继承性，确保职位不会出现空缺。

　　尚书省下设有的六部，分别为：吏部，负责考核、任免四品以下官员。户部，负责财政、国库。礼部，负责贡举、祭祀、典礼。兵部，负责军事。刑部，负责司法、审计事务。具体审判另有大理寺负责重大案件组织刑部、御史台、大理寺会审，谓三司审。工部，负责工程建设。

　　可以说，吏户礼兵刑工这六部，是统治管理全国的实打实的核心部门这六部的负责人，官职称尚书，副职称为侍郎。周瑜为了这六部的负责人选，可谓是花费了很多精力

　　前期一直支持周瑜霸业的江东世家大族肯定是不能不予考虑，当择其才高者上位。平定中原之后归附的人才，出于安定人心以及朝政平衡的考虑也必须选出合适人选担当六部之要职。这些年月，经过藏书院的培养、在荆扬一带管理地方的青年官员，也有表现优异的，当提拔至朝廷予以重用。

　　吏户礼兵刑工六部每部的长官为尚书，副长官为侍郎，周瑜最终确定的六部主要官员如下：

　　吏部尚书：张昭，吏部侍郎：诸葛亮

　　户部尚书：吕范户部侍郎：步鹫

　　礼部尚书：陈群，礼部侍郎：蒋琬

　　兵部尚书：甘宁，兵部侍郎：高顺

　　刑部尚书：法正，刑部侍郎：袁涣

　　工部尚书：刘晔，工部侍郎：费

　　三省六部架构及主官人选一定，则朝廷中枢的官制格局便已确定，在运转了三个月之后，中央官制终于理顺，周瑜随即开始了地方官制的变革。

　　那就是行省制。

　　在真实的历史上行省制是在元代早期开始的，由元世祖忽必烈创立并推行。

　　周瑜知道，元代的行省制度是秦以来郡县制的一大发展，它有利于统一的多民族国家的巩固对明清以及后来政治制度有深远影。