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1941年12月7日，星期日，太平洋战场。
在清晨到来之前，夏威夷群岛上的美国海军官兵们又度过了一个花天酒地的夜晚，美国太平洋舰队的全部战列舰相继返航，珍珠港笼罩在苍茫的暮色之中，显得恬静而欢快。然而此刻，一支庞大的日本机动舰队在夜幕的掩护下，正急速地向珍珠港方向驶来。
清晨7时49分，日军发动猛然的奇袭。仍然沉睡在晨雾里的珍珠港，一座座兵营井然有序。7时55分，值星舰“内华达”号战列舰上的水兵们像平常一样正准备升国旗，奏国歌。突然，从东南方上空出现一批俯冲轰炸机，风驰电掣般地紧贴海面飞行，冲向机场上空。这些水兵还以为是美军机群在进行实战演习，他们没想到，几秒钟内，冰雹似的炸弹倾泻而下。分布在珍珠港四周的希凯姆机场、惠列尔机场、埃瓦机场和卡内欧黑机场，成为日军突袭的攻击目标。日军炸弹的爆炸声把早晨的和平气息一下子撕得粉碎。这时，日军的鱼雷机群，对珍珠港内的战列舰实施了鱼雷攻击。刹那间，港内的军舰就笼罩在一片浓烟火海之中。美国海军战列舰全部起火，到处是爆炸声和一道道冲天的水柱。爆炸声、警报声和海军官兵们惊慌失措的呼救声搅成一团。
太平洋战争爆发了。
珍珠港的美军们在日军奇袭下，全军覆没。
罗斯福总统彻夜未睡，白宫里总统桌上就放着日军偷袭珍珠港的电文。这些电文是中国重庆政府提供的情报，“准确无误”，重庆蒋先生亲批字迹赫然醒目，可是罗斯福总统却将电文弃之如敝履。在重庆政府传递情报之前，罗斯福总统就已获知日本偷袭珍珠港的情报，实际上在美国海军陆战队“押”着200斤重水返国，他就知道美日战争势在必行。自欧洲战势全面爆发，罗斯福总统就亲自制定了战略计划，先冻结对日贸易，特别是战争必用的高辛烷石油，没有石油，日军的战斗装备就无法行驶，舰艇抛锚，等于无法继续侵略。罗斯福总统明白，日军缺少石油，必然入侵太平洋，而作为太平洋东西南北中继站的珍珠港，必是日军首要战略要点。
冻结对日贸易，逼迫日军袭击珍珠港，美国即刻对日宣战，获取世界战争利益，这是罗斯福总统的“锁喉行动”。
锁住日军咽喉，启动原子弹研制的“曼哈顿”工程，控制世界军事力量，即为锁喉。
果不其然，物资缺乏的日本坚守不住了，对珍珠港发动了奇袭。
不知是雪茄的烟雾眯住了眼睛，还是他在为死去的美军哀悼，罗斯福总统流泪了。
重庆电文被风扬起，飘入炭火盆中燃烧起来，不一刻即成灰烬。
12月7日，中国，上海。
影佐祯昭率领梅机关和76号特务，对公共租界实施暗杀、抓捕，日军车辆和步兵列队进入了公共租界，迅速控制住了码头、车站、公路，英美军队根本不敢抵抗便即缴械，只有一艘英国军舰想从黄埔江内逃出去，却被日军击沉了，另一艘美国军舰投降，公共租界沦陷了，孤岛不复存在了。
犬养中堂看着日军如海潮般涌进公共租界，心中却有无限的悲戚。日军南下战略“Z计划”既成事实，太平洋战争将加速日本灭亡。珍珠港偷袭是成功了，但成功的背后却是失败。太平洋战争小胜，更增强山本之流的野心，而与军事巨人美国的较量，对资源匮乏的日本来说，无疑是场灾难，这让日本步入了万劫不复之地。
犬养中堂顾不上了，他连自己都迷失了，何况整个日本？他一生策划的“光计划”失败了，中国思想与西方科技的融合也付诸东流了，虽然侥幸破除了圣经小组、瓦解了门徒小组，可是他一手策划的“原子弹工程”覆灭了，那像日本太阳一样闪烁着耀眼光芒的核武器被乌云遮住了，他的梦想也倒塌了。但反过来想，就算“光计划”成功了，对他来说又有什么意义？日本天皇利欲熏心，悍然发动战争，在他看来，那是一场欺骗国民的行为，一场光明正大的赌博。而他呢？在欺骗和赌博之间，他成了一个茕茕孑立、孤单影只、风烛残年的老人。三个儿子都死了，义女也死了，都死在这场该死的战争中。没有了后人，没有了烟火延续，他只觉这场长达一生的间谍角逐变得毫无意义可言了。
这日的晨，有难得的光。雨后的晨光，暖人心，却不刺眼。
犬养中堂就站在圣约翰大学门口，伫足看着美式的圣约翰教堂。他到这里来，就是为了寻找神鸟的，可以说神鸟是他一手丢失的，没有他的谋略，神鸟不丢，李丁纯和宫本芳子也未必死、失踪。他到这里来，就是为了圆最后的梦，他将带着神鸟归国，回家休养，不再染指中国。“神鸟”是李丁纯的代号，也是送给宫本芳子的礼物，所以神鸟成了他的寄托，成了他后半生活下去的慰藉。
神鸟就在圣约翰教堂的十字架背后。
犬养中堂终于走进了这个有着坡屋顶结构的教堂里。教堂在多日风雨的浸淫中，散发着一股潮湿的霉味，自文奕恒自杀以后，再也无人打扫教堂了。教堂的阴暗处，雾蒙蒙的，偶有几丝光扰乱了暗的神经，才使这里看起来有了些许生气。
犬养中堂盯着十字架，耶稣痛苦的表情中看起来不再有苦楚，反而有种重生的涅槃。这让他想起拉乌尔神父来。拉乌尔神父虽然死了，可他如同基督一样，肉身虽死，精神却不灭。
十字架下方，是一幅油画，画着耶稣和十二门徒的最后晚餐。
《最后的晚餐》，犬养中堂低语，忽然这幅图像蕴含着强烈的光似的，让他触目惊心。
《最后的晚餐》有13个人，耶稣和十二门徒。
中共门徒小组应是取自《最后的晚餐》之意，就算身死，也要维护真理。
可门徒小组为何只有十二门徒，没有圣主耶稣？
第13个门徒在哪里？
中共最神秘的特工13号，难道才是门徒小组的负责人？
“13”、“31”，犬养中堂想起了这一组数字，想起了因为破译“31”密码而死亡的儿子，陡然觉得“13”这个数字也隐含着不祥。
“门徒小组还隐藏着一个至关重要的人，这个人才是门徒小组真正的负责人，‘国师’文奕恒、‘军师’孙丙伦绝没有这样的智慧和谋略。”犬养中堂知道“光计划”是彻底败了，“13，这个不祥的数字。”
犬养中堂这时也顾忌不了这些了，他只想携带“扶桑树”回国。他在十字架背后找到了神鸟，神鸟还是那只神鸟，上面还有蜡烛，密封得很严。他打开神鸟机关，却从空腔里掉出一张纸来。
纸上写着中西功破译尾崎秀实密电的全文，以及破译的过程。
这密电让他崩溃了。
因为密电上面画着一具楼兰女尸，楼兰女尸旁写着“东方睡美人”。
孙丙伦假投降是计谋，他完全中了孙丙伦的计谋了。
这对他来说，不啻于当头一棒。破除门徒小组，是他的骄傲，这时却成了讥笑。这对于骄傲的“老龟”来说，无疑是巨大的讽刺，原来他从来就没有胜利，每一步都落入了敌人的彀中。
最让他崩溃的是，中西功竟然将密电藏在了楼兰女尸上，而他对此却毫无察觉。在这张纸上，在楼兰女尸的画中，很清晰地临摹了女尸，连女尸胳膊上扎着细小的针孔都清晰可见；而这些针孔，却是最为明显的摩尔斯码！
密电的内文更让他崩溃了，名单已毁，也就是说他苦苦追查的名单，根本就不存在，他所努力为之付出的一切都是泡影，他的谋略、他的心思都是在追寻一个早已不存在的东西。
犬养中堂跌坐在教堂里，战争摧毁不了他的斗志，失败磨灭不了他的进取，可这些如同肥皂泡似的讥笑，让他崩溃了，一下子变得苍老了。
犬养中堂跌跌撞撞走出教堂，却看见叶茨在教堂门口笑盈盈的看着他出来。
叶茨做了精心装扮，穿着一件中式黑色旗袍，上面点缀着金色的星星，看起来庄重极了，那些星星就像金黄色的光环一样，点亮整个黑色空间，就如同共产主义是星星，那黑色就是现实之中国，共产主义的真理将逐渐照亮黑暗的中国。
一簇光从“光与真理”的门廊射进来，笼罩在叶茨的身上，迷离了犬养中堂的眼睛。
犬养中堂被叶茨的庄重震撼了，竟然停止了脚步，似乎想到了一些事情，问叶茨：“门徒小组应该有13个人？”
叶茨微笑：“我就是第13个人。”
犬养中堂的眼睛眯成了一条线，道：“你就是上海中共最神秘的特工13号，门徒小组负责人，‘基督’。”
叶茨道：“我不是‘基督’，而是基督重生，代号‘教母’，圣经小组成员。”
犬养中堂道：“你为何布下这步棋？”
叶茨道：“杀龟！”
犬养中堂道：“杀龟！”
叶茨道：“肉身虽死，精神不灭。要想杀龟，需摧毁其意志。”
“门徒小组以十二生肖为代号，取自基督奥义，誓死与上海共存亡，你身为门徒小组之‘教母’，为何要弃沪赴京？”这一点犬养中堂不解，所以他问。
“有一种死亡叫重生，有一种战略叫转移。”叶茨微笑着回答。
犬养中堂懂叶茨的意思，轻轻顿了顿他手中的文明棍。文明棍里藏着一个微型炸弹，只要他拉动靶子处的按钮，炸弹就会爆炸；炸弹虽威力不大，与叶茨同归于尽还是可以的。
就在犬养中堂的手放在按钮上时，从叶茨身旁不远处缓缓走来一个人，看到这个人时，“老龟”终于长长叹了口气，松开按钮上的手指，道：“林森木，你真是中共卧底？”
林森木道：“我是中国人。”
犬养中堂叹了口气，看着林森木道：“你才是中共地下党31号吧！”
林森木点头道：“我就是31号，孙老之所以把31号撕掉，是故意留下31号在76号的线索，并结合秦癸恩的遗物，让31号与圣三一教堂发生关系，好让‘神鸟’李丁纯中计。”
犬养中堂皱眉道：“是谁杀了丁纯？”
“是我，另一个31号。”庄亦初随林森木一起来的。她也做了精心装扮，穿着一件白色的旗袍，旗袍上一朵深蓝色的花，从脖颈一直延伸到尾部，看起来性感又妩媚。
庄亦初脸上荡起幸福的笑容。
犬养中堂看见这个笑容时，想起了宫本芳子要与林森木结婚时的笑容，也是那样的灿烂，那样的幸福。犬养中堂觉得他死而无憾了，因为他从未留意庄亦初是共产党，这样一个任性、单纯、妩媚、可爱的富家女，怎会是中共地下党？而且还是隐藏在31号之后的31号？“老龟”没想到，所以他死而无怨。
犬养中堂将文明棍稳稳的拄在地上，跟叶茨说：“给我来个门徒小组式的一枪吧！”
这时，枪声响了，一粒子弹穿过“光与真理”的门廊空隙，自远处叶茨的办公室里射出，直中“老龟”眉心。
犬养中堂身子晃了几晃，却没有倒下去，文明棍支撑着他不倒。
这个坚毅的老人，虽然失败了，但虽死犹荣。
“杀龟行动”，完美落幕。
晨光中，圣约翰大学一片静默。远处的枪炮声被苏州河的水抵消了，传到圣约翰大学时，就像过年的炮竹似的。白剑生从叶茨办公室走出来，站在走廊上，向众人微微一笑。看到白剑生的笑容，叶茨也笑了。他们的笑容传递给了林森木和庄亦初，庄亦初挽住林森木的胳膊，脸上的笑容灿烂如夏花。
“光与真理”的门廊在晨光中，显得无比的肃穆与庄严…… 间谍教母