杨涟做梦都不想到祸起萧墙，出卖自己的人竟然是管家杨忠，他更不会想到熹宗全不念及旧日恩义，杨涟一声叹息，从此以后朝堂将再无杨涟，天下也再无东林学社。至身幽暗无光的天牢，杨涟心中明白，此生绝无可能走出此牢，他不后悔自己的选择，只是痛恨贼臣魏忠贤没有得到应有的报应。
“天心有鉴，必除魏贼”。杨涟仰天长叹，其哀切之声经久回荡于牢房之中。声嘶力竭的叫喊后，杨涟瘫坐在地上，望着漆黑一片的四下，茫然失措。良久厚重的牢门被打开，即而有三人顺着石级走了下来。
他们来到杨涟的近前，手拿敕书对杨涟说道:“奉圣上旨意，究查杨涟贪赃一案，现将钦犯带入大堂勘问。”差官宣读完毕，他身后的两名差官走进大牢，架起杨涟就外走。经过刚才那位差官面前时，这位差官狞笑着对杨涟说道:“杨大人，魏千岁托小人向您问好。”
杨涟瞟了这人一眼，跟着两名差役沿石级向上走去。到了正堂，新任寺卿许显纯手拿惊堂木，将案牍震得三响，瞪着一双凶恶的鹰眼，上下打量着杨涟。杨涟虽然知道自己冤枉，现在已沦为阶下囚，国家法度不能废，因此双膝跪地向许显纯施礼。
许显纯见杨涟下跪，以为他心中有屈服之意，趁此机会说道:“杨大人，识时务者为俊杰，只要您招出诬陷九千岁的逆贼，千岁一定网开一面，放您一条生路。”
听完许显纯的话，杨涟厉声斥责道:“许大人，杨某虽身陷囹圄，但圣人教训莫敢忘怀，还知道忠孝节义。您不用枉费心机，我什么都不知道。”
杨涟的话激怒了许显纯，他可是在魏忠贤那立过“军令状”的，不拿到供词，魏忠贤一定不会放过自己。他想杨涟一介书生，三木之下何愁得不到口供?下令将杨涟重打五十大板，直打得杨涟背上血肉模糊，昏死在堂上。许显纯命差役用冷水将杨涟浇醒，然后逼问杨涟到底招不招?杨涟默不作声，许显纯命人上夹棍，断腿之痛再次让杨涟昏晕过去。此后一连几日，许显纯动用了全部刑具，也没有从杨涟口中套出一个字来。
许显纯非常害怕，魏忠贤极有可能以办事不力为由将他治罪，没能揪出杨涟同谋，许显纯以贪赃枉法的罪名将杨涟钉死。随后左光斗等人也惨死狱中，拔掉了眼中钉之后，魏忠贤动用东厂杀手开始大肆缉捕东林社成员。许多人被打入不见天日的深牢，受尽各种酷刑的折磨。还有许多无辜的人受到牵连，但是魏忠贤本着“宁可错杀一千，绝不放过一个”的原则，借着查究杨涟一案，打击陷害与己为敌的人。
左光斗等人的亲友，惨遭东厂特务杀害，他们的家产房舍被魏贼付之一炬。火房哑仆赵大是个心思缜密的人，在老爷外出的几天里，他一直照顾杨忠，有一次晚间他去杨忠房间探视，发现杨忠的鞋边沾有一点土。他假意将药碗打翻，趁此机会用手捻了一点鞋上的土，发现土是湿的。杨忠雨夜晕倒，已有月余，怎么他的鞋土还是湿的?赵大开始暗中留意杨忠的房间，终于发现杨忠曾经趁着夜深，人都熟睡之际潜出府门过。
雨夜密会之时，杨忠意外摔伤，如今看来绝非意外，他一定有着不可告人的秘密。老爷按照脚程也应该到家了，即使有事情绊住不能脱身，也应该给家里寄封家信啊。难道老爷遭到了不测?想到这里，赵大首先想到是老爷唯一的血脉，存义的安全。
外面急促的喊杀声，令赵大心悸不已，此时他快步走向奶娘张妈的居室，急切地开始叩门。张妈打开门后，赵大用手势不停地比划着，告诉她赶快将少主交给他。此时叫门不应的东厂特务闯了进来，他们逢人便杀，魏忠贤已向他们下达死令，绝不放过杨府中的任何一个人。脚步之声越来越近，张妈让赵大带着少主，从暗室潜入直通庭院中央的荷花池后的假山，那里的通道可以到达外面。
此刻亮如白昼的火把照亮门前，赵大彻底失了魂魄，眼见杨家一门就要葬送在魏忠贤的手里。奶娘张妈对赵大说道：“如果你能侥幸逃生，每逢清明时节到老身坟前祭拜，便感念君的恩德了。”张妈说完后，拿出一只绣花枕将包裹少主的襁褓盖在上面，又给他裹紧一层棉被，将存义交到赵大的手中。哑仆赵大突然双膝跪地，恭恭敬敬向张妈磕了个响头，张妈知道赵大是代主人向自己致谢，她受了这个大礼。
此时从外面传近一个熟悉的声音：“贼婆娘听着，杨涟密谋陷害九千岁，现已被打入天牢，其亲属均为朝廷要犯，你赶快把那贼子给我带出来，魏千岁会对你网开一面。”
张妈将赵大与存义推入密道，用屏风掩好出口，然后怀抱布枕冲了出去，她到外面也不答话，飞快地往府中的后花园跑去。
杨忠和东厂杀手紧紧追随，张妈一个老妇哪里能躲过，武艺精湛的东厂杀手的追击，很快杀手们前后围堵，把她拦在了花园的廊下。
“贼婆子你好大的胆子，敢抗拒官差？还不把那个孽障交给我？”杨忠在她的背后恶狠狠地说道。
“呸，你这个卖主求荣的无耻小人，行此无义之举，一定不会有好下场。”张妈痛骂道。
杨忠听得恼怒，指挥杀手上前去抢少主，张妈已无退路，翻身投入了荷花池中。杨忠见张妈落入荷花池，想那池水深不见底，杨涟的儿子绝无生还的可能，便对杀手们说道：“那个小崽子现已葬身湖底，咱们可以高枕无忧了。”
杀手们只听魏忠贤的命令，魏贼特别交待他们，杀了杨存义要把他的尸首带回来。特务们没有完成任务，自然不肯离去，几名水性好的杀手跳入池中，潜入水下四周搜寻，时值夜色黑沉，杀手们哪里去寻，忙活了半天毫无结果，只得和杨忠悻悻离开。
魏忠贤见杨忠空手而回大为震怒，割掉他的左耳以示惩戒，仍然命他继续带杀手捕杀杨涟亲属。杨忠一心扑在擒杀杨存义的身上，此时他在知道自己的疏忽大意，漏掉了杨府中重要的一个人，火房老仆人赵大。
这个老家伙在杨府多年，对杨涟忠心耿耿，绝不能让他留在世上，给自己留下祸患。然而杨府突遭劫难，赵大绝不可能呆在这里等人抓捕。杨忠命人绘制赵大的画影图形，贴在城门口，让过往的百姓检举揭发。
这个卖主求荣的小人，做梦都不会想到，杨涟在当地得到百姓的极力拥戴，杨忠出卖主人的丑行，已在百姓中间广为流传，他要捉拿的人，一定是个好人，因此百姓心中打定了主意，就是家破人亡，也绝不会透露赵大的行踪。
张妈的死给了赵大以启示，他明白死人是绝不会泄露秘密的，从此世界上再会赵大这个人。
东山有个药农看到一人在一坟冢前痛哭不止，祭拜完毕后，此人拿起酒壶饮了一口酒，随即七窍流血而亡。药农见状大惊失色，忙将这一情况通知了官府，杨忠苦寻赵大无门，了解这一情况后，带着东厂杀手会同京畿衙门赶到现场，眼前这个脸色青黑的人正是赵大，仵作验看尸身后，确让死者是饮了鸩酒中毒而亡。一旁边还有死者留下的绝命书，上面提到自己不能找回主人的尸骨，只能立此衣冠冢，如今主人已亡，为仆者当以忠义为怀，慨然赴死以存清名。
杨忠费尽心机，最后什么也没有得到，赵大的死再一次羞辱了他这个不义的小人。众人散去，空幽的山间一轮冷月透出惨白的光，此时一个夜行人从树上飞纵而下，对着赵大的尸身恭敬地拜了几拜，将一丝绢塞入赵大的鞋中之后，犹如鬼魅般地消失在如墨的夜色中。几名感佩其忠义的百姓，不忍赵大的尸体曝露荒野，偷偷地将其埋葬在杨涟的墓旁，他们希望这位义仆在阴间还能侍奉清正的杨大人。
魏忠贤并没有搜集到杨涟的其他罪证，贪脏一案的指证者虽然是杨涟的管家杨忠，但是魏忠贤知道，杨家的仆从除了杨忠以外，余者皆被处死。没有一个人在死亡面前向自己低头，这让魏忠贤的心中十分不安，将来圣上想起杨涟的功劳，难免不会问及杨忠，那时自己就是养痈成患了。
在杨忠回到东厂向魏忠贤告知赵大已死的讯息时，魏忠贤笑着对杨忠说道：“现在杨涟虽已伏法，但是将来难保圣上不念及杨涟旧日的情义复查此案，如果所派之人精明干练，那么你将死无葬身之地。不如眼下拿着银两，隐姓埋名去过安稳日子吧。”
杨忠听了魏忠贤的话后，如捣蒜一样的叩头感谢，魏忠贤摆手让他起来，然后将事先准备好的布袋交给了杨忠。魏忠贤说道：“你从府中的西角门出去，没着小路往山道走，不会惹人注意的，城门官我以事先知会了他们，你不会受到盘查的。”
杨忠点了点头，拿起布包离开了东厂。天明时分，有人发现了杨忠的尸体，从他的布包中搜出了一封信。京畿衙门在熹宗早朝的时候，将这封信呈上了朝堂。看到这一幕，魏忠贤的脸上流露出一丝诡笑。